Il 24 settembre 1506 papa Giulio II rimase ad Acqualagna e ordinò la costruzione della chiesa di Santa Lucia consacrata nel 1537.

 

IL 20 aprile 1849 Acqualagna aderisce alla Repubblica romana. 17 settembre 1860 Acqualagna entra nel regno di Savoia. Il 18 settembre, dopo la battaglia di Castelfidardo, dove l'esercito francese viene sconfitto, le Marche non sono più sotto il dominio del Papa.

 

Nel 1901 fu catturato, nella frazione di Farneta, il brigante Giuseppe Musolino. I due carabinieri che l'arrestarono, erano comandati dal brigadiere Antonio Mattei (padre di Enrico).

 

Durante il periodo della prima guerra mondiale, il sindaco Brigidi, nonostante la crisi economica del paese, riuscì a fornire servizi essenziali per la popolazione, come la costruzione della strada di Pietralata. Il 29 ottobre venne eletto il sindaco socialista Pasquale Ciampiconi che realizzò l'acquedotto del Furlo, la strada per Farneta e quella dei Prati, che ancora oggi collega Acqualagna a Urbania, completata nel 1932.

 

Fu in quel periodo che iniziò la costruzione della diga di Furlo per la costruzione di una centrale idroelettrica gestita dall'Unione Esercizi Elettrici di Milano. La diga in cemento che si trova al Furlo è un esempio del modello con diga ad arco con concavità rivolta a valle, per scaricare tutto il peso sulle pareti rocciose laterali delle montagne di Pietralata e Paganuccio.

 

Tra il 1930 e il 1935 la crisi economica provoca un aumento del tasso di disoccupazione e un calo dei salari e negli scioperi di Acqualagna sono organizzati. In occasione del "giorno dell'alleanza", istituito dal regime fascista il 18 dicembre 1935, che richiedeva agli italiani di dare il loro oro per la patria, Acqualagna la raccolta avviene di fronte al monumento ai morti della prima Guera Mondiale. Nonostante la crisi economica, gli abitanti della città resistettero.