La chiesa si compone di tre navate, con un'ampiezza per la popolazione più che sufficiente. La torre campanaria che s'innalza aderente a questa chiesa verso nord è invece un bel monumento tardo-medievale o rinascimentale. L'edificio sacro è quanto rimane dell'abbazia benedettina di San Tommaso Apostolo, di origine medievale, che probabilmente dipendeva direttamente dall'abbazia di Leno.

 

L'edificio è una chiesa monastica romanica. Buona parte dei muri perimetrali sono originali, ma la facciata, le cappelle laterali, il campanile e la zona absidale sono frutto di rielaborazioni successive.

 

La chiesa, pertanto, presenta un interno e un esterno particolarmente modificati rispetto alla facies dell'epoca di costruzione. I muri esterni delineavano un edificio a mattoni con spesse giunture. Lesene e archetti pensili, con peducci a goccia, sottolineavano le nervature e le cornici. La muratura, non sempre ben leggibile, presentava interventi di opus spicatum. Probabilmente le absidi erano tre, e quella maggiore era illuminata da tre monofore. Invece la navata centrale era resa luminosa da otto monofore, quattro per lato.

 

Alcuni elementi esterni sono stati confrontati con le chiese di S. Fiorentino a Nuvolato (Quistello), di S. Lorenzo a Pegognaga, di S. Benedetto a Gonzaga; pertanto l'edificio romanico di Acquanegra potrebbe essere vicino a quella serie di luoghi di culto romanici mantovani, nati durante la stagione della Riforma gregoriana sostenuta da Matilde di Canossa – fine XI – inizio XII secolo -.

 

L'interno è a croce latina, a tre navate, con un transetto sporgente. Le attuali volte, però, costruite successivamente, impediscono la lettura dell'ambiente nel suo aspetto antico. Il tetto, molto probabilmente, era a capriate decorate, con mensole d'appoggio, ancora visibili nel sottotetto. La navata centrale comunica con quelle laterali attraverso archi, retti da pilastri in cotto, costruiti a sacco, che poggiano su elementi marmorei e sono coronati da capitelli a cubo scantonato. Alla crociera sono poi quattro arconi, che si aprono sull'abside, sulla navata e sul transetto; quelli che immettono nel transetto risultano più bassi degli altri. Elementi della cripta sono visibili attraverso l'accesso, collocato a sinistra, presso l'unico pilastro poligonale. L'edificio, orientato, per le caratteristiche evidenziate è databile alla fine del secolo XI: una datazione che collima con la documentazione scritta sul monastero.

 

Il profondo presbiterio e il largo transetto rivelano, inoltre, la funzione di chiesa per i monaci che San Tommaso ospitava, e il complesso abbaziale, quasi sicuramente, si sviluppava sul lato meridionale dell'attuale edificio. Nel presbiterio era ospitato il coro e al mattino si salutava il sole, simbolo di Cristo. In quell'ambiente dominava la luce perché lì era simboleggiata la Gerusalemme Celeste. Nella navata, invece, la luce alta conduceva dalla penombra della dimensione terrena all'estatica considerazione del divino, simbolicamente collocato sulla parte superiore. Sulle pareti si ponevano exempla, storie, immagini che servissero a vivere bene la propria vocazione in questa lontananza dal paradiso celeste, per meritarlo.

 

Così l'edificio di Acquanegra dopo la sua edificazione fu subito decorato.