L'interno è a 3 navate, separate da pilastri suddivisi a loro volta da archi a tutto sesto, in stile barocco romaico.
All'interno sono conservate le reliquie di Santa Felicita, martirizzata nella Via Salaria.
La navata destra e la cappella di Santa Felicita sono state aggiunte in seguito (sotto l'altare di questa cappella vi è un'urna con le reliquie della santa).
Il 12 settembre 1829 la chiesa fu restaurata ed ingrandita. Fu dedicata a Santa Felicita dal cardinale Francesco Galeffi (vescovo di Albano e Abate commendatario di Subiaco). Le prime notizie, tuttavia, si hanno a partire dal XIV secolo, quando nel 1341 viene citata per la prima volta nel "Capitolo di Santa Felicita". Nel XIV e nel XV secolo fu centro politico. Nello stesso periodo nella piazza di fronte si riuniva il consiglio comunale (Università) di Affile. Nel Medioevo la chiesa era nel centro del "castrum".
fonte: https://it.wikipedia.org/wiki/Chiesa_di_Santa_Felicita_(Affile)