Il santuario, poi elevato a basilica minore, fu eretto in stile barocco a partire dal 1633 con annesso convento dei frati minori riformati dell'ordine francescano, nonostante l'opposizione dei domenicani. L'interno, rivestito di marmi, è a tre navate, con abside e cappelle sul lato sinistro. In Basilica è conservato un miracoloso crocifisso attribuito a frate Umile da Petralia, la statua in legno di Sant'Antonio di Padova del XVII secolo, collocata in un grande tabernacolo del 1922 conosciuto come "Trono del Santo", un pulpito marmoreo di Francesco Jerace, e altre opere d'arte di rilievo. Nella sacrestia un dipinto di Agostino Beltrano raffigurante l'apparizione del Bambino Gesù a Sant'Antonio (1630). Sulla sinistra del Santuario si erge l'alto campanile costruito a partire dal 1950. Il culto di Sant'Antonio ha reso il santuario un celebre luogo di pellegrinaggio (con festa il 13 giugno), facendo di Afragola la "Padova del Sud". Dal 18 febbraio 1995 il santuario è ufficialmente gemellato con la Basilica di Sant'Antonio in Padova, ma contatti informali sono esistiti da sempre, in quella occasione i Frati Minori Conventuali di Padova donarono alla città un'importante reliquia del Santo (un pezzo di massa muscolare toracica di circa 6 cm), conservata in una cappellina nella parte posteriore del Trono del Santo. Dal 6 gennaio 2017 il santuario è ufficialmente gemellato anche con il Santuario di Sant'Antonio in Lisbona, città che diede i natali al Santo nel 1195. Il convento, con il collegio serafico, ospita la Biblioteca del Convento di Sant'Antonio che raccoglie oltre diciottomila volumi, tra cui numerosi pezzi unici o rari.