La chiesa viene considerata la prima parrocchia di Alassio costruita nel 940. Tuttavia questa è una data che non presenta nessun tipo di fondamento storico: non esistono fonti che accertino un'affermazione del genere. Quello che è stato sempre detto è che è stata parrocchia di Alassio (la prima) fino al 1507 e l'edificio è uno dei primi luoghi di culto della zona poiché fu eretto intorno al 940 dai monaci benedettini dell'isola Gallinara. Officiata fino alla dominazione francese di Napoleone Bonaparte (1797), fu venduta a privati che adibirono l'antico edificio di culto in una stalla.

 

Successivamente abbandonata e ridotta ad un rudere, fu negli anni 1968-1970 interessata ad un accurato restauro che permise l'apertura della chiesa ai fedeli. In occasione dei lavori restaurativi sono stati rinvenuti affreschi, databili al XV secolo, tra cui il più esteso è posizionato sulla parete sinistra del porticato; l'affresco raffigura il Cristo Pantocratore racchiuso in una mandorla insieme ad una folla di beati e a destra l'Angelo della salvezza. Un altro frammento raffigura il volto di sant'Anna.

 

Oggi l'edificio, di proprietà privata, risulta in stato di abbandono e degrado.

 

In realtà la storia di Sant'Anna è molto più complicata e misteriosa. Le prime fonti che ne parlano sono del 1435. Visto il luogo dove sorge è decisamente singolare pensare che possa essere stata la prima parrocchia di Alassio, visto che, oltretutto i protoalassini sembra si siano installati nella zona di Castè e non in quella di Sant'Anna.