Tra il III e il II secolo a.C. si data il piccolo tempio di Alatri, di tipo etrusco-italico, i cui resti sono conservati nel museo civico mentre nel Museo nazionale etrusco di Villa Giulia a Roma ne è ospitata una celebre ricostruzione a grandezza naturale. Nel 90 a.C. Alatri ottenne la piena cittadinanza romana. Si suppone che il Cristianesimo sia arrivato già nell'età apostolica, sebbene la presenza di cristiani nella città non sia documentata prima del 380.

 

Dopo la caduta di Roma la città subisce le invasioni barbariche e la sanguinosa guerra tra Odoacre e Teodorico. Nel 543 Alatri è saccheggiata da Totila e rimane completamente distrutta; l'anno successivo viene inclusa nel Ducato romano, soggetto all'autorità papale. Nel 1173 Alatri conquista l'autonomia comunale. A quell'anno risale l'elezione dei consoli.. Nel 1186 la città, durante le lotte del papato contro l'impero, è assediata dall'esercito di Enrico VI al quale riesce tuttavia a resistere. Nel Duecento il comune alatrense si espande a danno dei paesi limitrofi: sottomette Collepardo ed in seguito anche Trivigliano, e aggredisce Vico nel Lazio, che verrà assoggettata all'inizio del XIV secolo, quando anche Frosinone sarà costretta a partecipare al Parlamento di Alatri e fornire truppe al comune ernico. Un forte periodo di sviluppo economico, monumentale ed edilizio si ha con la nomina del cardinal Gottifredo di Raynaldo a podestà nel 1286.

 

La cattività avignonese del papato coincide con una fase di decadenza per Alatri, che nel 1324 viene conquistata da Francesco de Ceccano. Il terremoto del 1349 danneggia gravemente il centro abitato, mentre nel 1357 le Costituzioni egidiane obbligano la città a restituire la signoria su Trivigliano al papato e quella su Torre ai Caetani. Durante lo Scisma d'Occidente la città è occupata dalle milizie papali e rimane forzatamente fedele a Papa Urbano VI. Tuttavia, a seguito dell'ingresso in città di Onorato Caetani, che cattura quaranta nobili, gli alatrensi per difendersi da ulteriori scorrerie nominano i Conti signori della città. Nel Quattrocento il dominio sulla città da parte di re Ladislao I di Napoli (1408-1414) divide la città in fazioni. In seguito, salvo la breve signoria di Filippo Maria Visconti nel 1434, Alatri deve sottostare al diretto potere pontificio, che si fa più soffocante. Nel XVI secolo il Sacco di Roma e la successiva occupazione spagnola lasciano la città impoverita e a dover fronteggiare la peste. La situazione economica si aggrava anche a causa di lunghe lotte con i comuni vicini e delle occupazioni da parte di Cesare di Caietani prima, e di Fernando Álvarez de Toledo poi.

 

Una riorganizzazione sociale e religiosa viene promossa da Ignazio Danti, vescovo della città dal 1583 al 1586, ricordato in particolare per la costruzione del monastero dell'Annunziata. Il XVII secolo per Alatri è segnato da due terremoti (1617 e 1654) e nuovamente dalla peste del 1656. Nel Settecento la città raggiunge gli ottomila abitanti; viene attuata una riforma delle istituzioni locali, e nel 1729 viene istituito il Collegio delle Scuole Pie.

 

Con la proclamazione della Repubblica Romana nel 1798 emerge in città un ceto dirigente filofrancese, abbattuto però, nel luglio 1798, da una ribellione che sfocia in un massacro. Nel riordino amministrativo della provincia pontificia di Campagna e Marittima (che cambia nome in Dipartimento del Circeo), Alatri diviene capo cantone di un vasto territorio. Dal 1809 al 1814 la città subisce il dominio dell'impero napoleonico, e la deportazione in Francia di molti dissidenti e del vescovo Giuseppe Della Casa.

 

La Restaurazione produce un periodo di incertezza politica; il fenomeno del brigantaggio testimonia l'arretratezza generale dello Stato pontificio, nonostante i tentativi di migliorare la situazione (come la realizzazione dell'acquedotto per volere di Papa Pio IX). Con l'instaurazione della Seconda Repubblica romana, il patriota alatrense Sisto Vinciguerra viene eletto deputato alla Costituente.

 

In seguito all'unificazione della penisola, la popolazione raggiunge i tredicimila abitanti; vengono potenziati i servizi di assistenza ed ha inizio un vivace progresso. Fiorisce anche la vita letteraria e politica. Nello stesso tempo, con l'aumento della popolazione, l'area del centro abitato supera assai presto l'antica cerchia muraria. Nel 1917 l'inaugurazione di una ferrovia vicinale fa cadere l'isolamento in cui si trovava la città.

 

Durante la seconda guerra mondiale la città subisce pesanti perdite umane e la rovina di molti monumenti e abitazioni. Nel 1941 nel territorio di Alatri viene istituito il campo di internamento di Fraschette, che rimarrà in funzione come tale fino al 1944, per poi essere trasformato in campo profughi, rimanendo attivo fino agli anni Settanta. Dopo la guerra Alatri diviene una città florida economicamente, con un potenziamento delle attività commerciali.