La costruzione della chiesa si deve a padre Vincenzo Abbati, scomparso nel 1654. Dopo la sua morte, il suo corpo venne seppellito prima nella chiesa dello Stellario e poi traslato all'interno della chiesa del Gesù dopo che fu ultimata.

 

Il 25 aprile 1745 fu costituita all'interno della chiesa la congregazione della Madonna del Lume (detta anche dei borghesi, cioè piccoli possidenti terrieri), rivolta solo agli uomini. Secondo le cronache del tempo, i congregati si riunivano ogni domenica al vespro. La congregazione fu abolita con decreto reale il 28 luglio 1770.

 

La chiesa venne gestita dall'Ordine dei Gesuiti fino alla loro espulsione, avvenuta nel 1860. Successivamente (più precisamente a partire dal 1866, in concomitanza con l'eversione dell'asse ecclesiastico) la gestione della chiesa passò alla congregazione della Sacra Famiglia, che era stata fondata all'interno del collegio dei Gesuiti il 15 novembre 1824 da padre Domenico Maria Lo Jacono, che ne fu direttore e catechista. Dopo l'espulsione dei gesuiti, sembra inoltre che la congregazione della Madonna del Lume si fosse trasferita nella chiesa di Santa Maria del Soccorso.

 

Nel 1901 venne fondata nella chiesa la congregazione femminile della Madonna del Lume, che si trasferì nel 1942 in una cappella della chiesa madre, dove sull'altare è collocata una tela dedicata alla Madonna del Lume di Giuseppe Renda. La festa della Madonna del Lume ad Alcamo veniva celebrata la quinta domenica dopo Pasqua, cioè due settimane dopo quella del Patrocinio.

 

Nel 1947 monsignore Giuseppe Barone fu nominato rettore. Sotto il suo operato furono apportati molti lavori di ammodernamento.

 

La chiesa fu chiusa nel 1968, a causa dei danni subiti durante il terremoto del Belice. Successivamente venne svolto il restauro e la pulizia della chiesa grazie al finanziamento di Nicolò Cassarà, a cui seguì la riapertura della chiesa.

 

La chiesa si presenta a navata unica con tre altari: un altare maggiore (in marmo bianco adornato da colonne di stucco rosso, del 1860 circa) e due altari laterali (in marmo policromo, realizzati ed inaugurati nel 1937):

 

Sull'altare maggiore fino al 1952 si trovava la tela del pittore alcamese Giuseppe Renda (1772-1805), conservata adesso in sagrestia e sostituita in quell'anno da una statua lignea della Sacra Famiglia, opera della ditta Luigi Santifaller di Ortisei (Bolzano) e dono dell'alcamese Nicolò Cassarà. Per tale ragione è stata trasformata la parete, costruendovi una nicchia ovale, dove essa è stata posta e abbellendola di altre due colonnine in stucco rosso simili a quelle già esistenti. In una custodia marmorea posizionata sotto l'altare maggiore si trovano le reliquie di san Benedetto il Moro, san Paolino da Nola, e san Casimiro.

Sull'altare di sinistra si trova un crocifisso di autore ignoto (che secondo la tradizione si trovava nella soffitta dell'ex collegio dei gesuiti), restaurato nel 1901.

Sull'altare di destra la tela della Madonna del Lume (di autore ignoto, collocata sull'altare nel 1740), anch'essa restaurata nel 1901. In un'immagine del 1969 si notano attaccate alla tela la corona d'argento della Madonna, del Bambino e altri ornamenti argentei: due orecchini, una collanina e una spilla.

 

A destra dell'altare maggiore si trova la "cappella della Passione" (costruita per volere della congregazione del Santissimo Crocifisso), dove sono collocate le statue di Gesù che prega nell'Orto degli Ulivi, l'Addolorata, Gesù Flagellato legato alla colonna e nel piano inferiore Gesù morto, provenienti da un gruppo di statue che prima erano custodite nella ex chiesa di Santa Maria dello Stellario.

 

Accanto si trova un quadro rappresentante San Michele arcangelo, al quale padre Pugliese accendeva le candele affinché allontanasse la pioggia durante la festa del Patrocinio, che si svolgeva la terza domenica dopo Pasqua, in occasione della quale si offriva un pranzo alle famiglie povere in piazza Ciullo.