La chiesa inizialmente era una piccola cappella; secondo lo storico Ignazio De Blasi, Giovanni Battista Oneto, sacerdote, fondò questa chiesa nel 1520, come da atto pubblico presso notaio Stefano Torneri e il 18 settembre 1520 il cappellano della stessa chiesa fece dipingere il quadro con la figura della Beata Vergine, con San Giovanni, San Giorgio e lo Spirito Santo.

 

Nel 1619 vi fu posta un'immagine che lo studioso alcamese Pietro Maria Rocca pensava fosse il trittico su tavola realizzato nel 1462, e che dal 1865 è stato trasferito al Museo Nazionale di Palermo.

 

Questo dipinto è ritenuto una delle opere più belle del Rinascimento siciliano: fu acquistato dal museo nel 1865 circa dal cavaliere Giovanni Fraccia, a cui era stata venduta da un canonico di Alcamo.

 

Nel trittico è rappresentata Maria, seduta in posizione centrale, che tiene al seno il Bambino Gesù nudo, abbracciato a Lei; due angioletti inginocchiati suonano la chitarra e la viola. A destra si trova San Pietro, con la Chiesa nella mano sinistra e le chiavi nella destra, mentre sul lato sinistro c’è l’evangelista Giovanni, con barba lunga e rosso mantello, con uno scrittoio nella mano destra, e un calice d’oro nella sinistra.

 

La cappella venne allargata fra il 1626 e il 1636, dopo un evento accaduto il 21 giugno del 1625: davanti ad essa miracolosamente si spezzò il carretto che portava gli appestati al cimitero di Sant'Ippolito in maniera irrimediabile: il segno che la peste era finita.