Gli abitanti iniziarono molto presto a dedicarsi al commercio, e nel XIV secolo il commercio con le città tedesche della Lega Anseatica divenne fiorente. Amsterdam ottenne ufficialmente il titolo di città nel 1300 o 1301 dal vescovo di Utrecht Guy van Henegouwen, ma già nel 1275 Amsterdam (sic) aveva ricevuto delle esenzioni da parte di uno dei Signori dell'Amstel.

 

I Paesi Bassi furono uniti alla corona spagnola fino al XVI secolo, quando terminò la guerra d'indipendenza. Tra le conseguenze dell'indipendenza, venne introdotta nello Stato la libertà di religione. Amsterdam rimase una città cattolica, religione preponderante nella città ancora oggi. Numerose tuttavia furono le chiese convertite alla fede protestante.

 

Mentre le guerre di religione imperversavano per l'Europa, Amsterdam divenne un rifugio per molte genti perseguitate o timorose di persecuzioni per via della loro religione. Vi giunsero ebrei dalla Spagna e dal Portogallo, mercanti da Anversa in fuga dal saccheggio degli spagnoli e gli ugonotti dalla Francia.

 

Il XVII secolo fu l'età d'oro di Amsterdam. Le navi olandesi salpavano per il nord America, l'Indonesia, il Brasile e l'Africa, creando un impero coloniale. Rembrandt visse in questo secolo. La città si espanse attorno ai canali. Amsterdam divenne il porto più importante del mondo e un centro di finanza internazionale.

 

Il XVIII e il XIX secolo videro un declino nella prosperità di Amsterdam. Le guerre contro la Gran Bretagna e la Francia misero a dura prova la città e il commercio si spostò verso Londra.

 

Alla fine del XIX secolo, la rivoluzione Industriale raggiunse la città. Nuove rotte sull'acqua verso il mare e verso il fiume Reno fecero nascere nuove rotte commerciali con l'estero. Le condizioni di Amsterdam migliorarono di nuovo, ma la città non raggiunse più gli splendori del passato. In questi anni fu costruita la Stelling van Amsterdam, un anello di 42 forti e di terre che potevano essere alluvionate, messo a difesa della città.

 

La prima guerra mondiale non portò distruzioni perché i Paesi Bassi rimasero neutrali. Il commercio e l'industria soffrirono comunque le conseguenze di un'Europa devastata.

 

Tra le due guerre gli olandesi costruirono delle dighe che separarono lo Zuiderzee dal Mare del Nord, creando il cosiddetto IJsselmeer (lago IJssel). Le distese d'acqua ad est di Amsterdam divennero così un lago d'acqua dolce e non più una baia di acqua salata.

 

Durante la seconda guerra mondiale le truppe tedesche occuparono la città a partire dal 15 maggio 1940 e deportarono quasi 100.000 ebrei, facendo quasi scomparire la loro comunità. Anna Frank era una di loro. Prima della guerra, Amsterdam era il centro più importante per il commercio dei diamanti, e siccome la maggior parte era nelle mani di affaristi e gioiellieri ebrei, esso scomparve con loro. Oggi Amsterdam ha ancora un ruolo nel loro commercio, ma il suo posto di centro mondiale è stato preso dalla città di Anversa in Belgio.

 

Negli anni sessanta e settanta Amsterdam divenne di nuovo famosa, per ragioni diverse: la politica di tolleranza verso le droghe leggere rese la città una destinazione popolare per gli hippie. Diventarono frequenti le occupazioni di edifici vuoti e gli scontri con la polizia.

 

Gli anni ottanta iniziarono in modo convulso: nel 1980, mentre la Regina Beatrice veniva incoronata, una protesta si svolse fuori dalla chiesa. Il motto dei manifestanti era "Geen woning, geen kroning" ("niente casa, niente incoronazione"). Il sindaco e il consiglio municipale alla fine dovettero chiamare l'esercito per riprendere il controllo della situazione. Durante gli anni seguenti crebbe grandemente il numero degli immigrati, soprattutto dal Suriname, dalla Turchia e dal Marocco. Molte persone si trasferirono nelle città vicine, tra cui Purmerend ed Almere. Quartieri come De Pijp e Jordaan, precedentemente abitati da operai, divennero ambite mete per i nuovi yuppie abbienti e per gli studenti.

 

Negli stessi anni avvennero grandi cambiamenti amministrativi: la città fu divisa in distretti (oggi 7), con giurisdizione su molte delle responsabilità precedentemente assegnate al governo centrale. L'idea era quella di avvicinare l'amministrazione alla gente.

 

Negli anni novanta si registrò un boom economico. Il vecchio centro storico fu restaurato quasi interamente e furono completate molte infrastrutture. Nel 1995 il governo nazionale propose la creazione di una provincia cittadina, comprendente Amsterdam e le città vicine, proposta respinta con un referendum. Alcune parti della città acquisirono comunque una maggiore autonomia, mentre alcune città vicine furono inglobate ad Amsterdam, sia politicamente sia economicamente. Quindi si andò a costituire la cosiddetta Grande Amsterdam.