Il museo possiede la più grande collezione di dipinti del Secolo d'oro olandese (1584-1702) e una considerevole collezione di arte asiatica.

 

Il museo fu fondato nel 1800 a L'Aia, per esporre le collezioni degli statolder olandesi, ed era noto come Galleria Nazionale d'Arte (in olandese: Nationale Kunst-Gallerij). Nel 1808 il museo fu trasferito ad Amsterdam e i dipinti di proprietà della città, ad esempio la Ronda di notte di Rembrandt, divennero parte della collezione.

 

Nel 1863 fu indetta una gara per progettare una nuova sede per il Rijksmuseum, ma nessuna delle proposte fu ritenuta sufficientemente di qualità. Nel 1876 si svolse una nuova competizione, vinta da Pierre Cuypers, con un progetto che combinava elementi gotici e rinascimentali. Anche le decorazioni furono oggetto di una gara vinta da Bart van Hove e Jean Francois Vermeylen per le sculture, da Georg Sturm per le mattonelle e i dipinti e da William Francis Dixon per le vetrate. Sia l'interno che l'esterno dell'edificio era riccamente decorato con chiari riferimenti alla storia dell'arte olandese. La costruzione dell'edificio ebbe inizio il 1 ottobre 1876 e il museo venne aperto il 13 luglio 1885.

 

Nel 1890 fu aggiunto al museo un edificio costruito con i resti di alcuni edifici demoliti, in modo da dare uno sguardo complessivo sull'architettura olandese. Nel 1906 fu ricostruita la sala che ospita la Ronda di notte. Gli interni subirono maggiori cambiamenti: tra gli anni venti e gli anni cinquanta la maggior parte delle pareti variopinte fu ridipinta e negli anni sessanta furono costruite alcune sale da esposizione e dei pavimenti all'interno dei due cortili. L'edificio ha subito alcuni minori rimaneggiamenti e restauri nel 1984, 1995-96 e 2000.

 

Dal 2003 il Rijksmuseum fu ristrutturato e rinnovato basandosi sui progetti degli architetti spagnoli Antonio Cruz e Antonio Ortiz. La maggior parte delle vecchie decorazioni fu restaurata e i pavimenti nei cortili furono rimossi. Durante questi lavori rimasero esposti solo alcuni dipinti della collezione permanente, in un'esposizione intitolata I capolavori, nell'edificio costruito con i frammenti dei palazzi demoliti, chiamato Ala Philips. Il Rijksmuseum ristrutturato è stato inaugurato nel 2013.