L'edificio fu costruito nel 1605 per volontà del conte Nappi. Nel 1631 venne aggiunto un collegio. Nel 1743, l'architetto Luigi Vanvitelli, nella fase di riammodernamento della città voluta da papa Clemente XII, mise mano anche a questa chiesa, oltre che alla Mole Vanvitelliana e l'arco Clementino, tutte opere che si trovano nella zona portuale di Ancona.

 

Per molti anni l'edificio è stato chiuso al pubblico e in attesa dell'ultimazione dei restauri interni. Il 1º settembre 2011 è stata di nuovo riaperta al pubblico nell'ambito delle manifestazioni correlate al XXV Congresso eucaristico nazionale; in tale occasione sono stati riportati in essa i quadri prima custoditi nella pinacoteca comunale dopo il restauro di quelli ancora in situ.

 

Nel 2017 la Chiesa del Gesù è stato uno dei siti scelti dal FAI per l'organizzazione delle giornate di primavera.

L'entrata della chiesa è collegata alla piazza antistante attraverso due scalee di forma semiellittica; la loro funzione, oltre che ornamentale, è anche quella di coprire in poco spazio l'elevato dislivello fra l'entrata dell'edificio e la strada. L'intera facciata ha una forma concava che riecheggia l'arco dell'insenatura del porto, ai cui estremi Vanvitelli lasciò le altre sue opere maggiori anconitane: a nord l'Arco Clementino e a sud il Lazzaretto.

 

Di fronte al portale è posto un pronao costituito da due pilastri angolari, due colonne centrali e una trabeazione di ordine dorico, il cui fregio è privo dei triglifi. Il pronao sorregge un frontone triangolare sprovvisto di sculture al suo interno, come d'altronde ne è sprovvisto tutto l'esterno dell'edificio. Al di sopra dell'ingresso è presente un alto attico, la cui parte centrale è coronata da un frontone curvilineo. Sempre nella parte centrale dell'attico si apre un'ampia finestra rettangolare, anch'essa coronata da un frontone, triangolare come quello del pronao. Fino al periodo bellico la facciata era sormontata da sei torce fiammeggianti in terracotta, parte organica del progetto vanvitelliano che conferivano maggior slancio al prospetto, che per motivi oscuri furono successivamente rimosse e non più ripristinate.

 

La pianta dell'edificio è a croce latina inscritta, con abside semicircolare e cupola, sul tipo della Chiesa del Gesù di Roma, struttura madre dell'Ordine dei Gesuiti. Le quattro cappelle ai lati della navata, comunicando tra di loro e con il transetto, quasi formano delle navate laterali, come nella Chiesa di Sant'Ignazio e nella Chiesa del Gesù di Roma.