La chiesa fu fondata il 14 agosto 1323 dai Francescani e dal vescovo Nicolò degli Ungari, fu in origine dedicata a Santa Maria Maggiore.

 

Soltanto nel 1447 venne costruita la grande scalinata, che copriva l'intera area dell'attuale Piazza San Francesco, da cui prese la denominazione. La scala fu progettata da Giorgio Orsini da Sebenico e realizzata da mastro Domenico con due rampe da 30 gradini ciascuna

 

La chiesa, prima di quella di Santa Maria Maggiore o Grande, o detta di San Francesco, era quella adiacente ad essa denominata Santa Maria a porta Cipriana per distinguerla da altre. Essa si nota nella pianta detta di Ricci-Castelli, il cui disegno è ripreso da una pianta prospettica di Ancona di prima del 1546.

 

La prima chiesa di santa Maria in porta Cipriana la si trova indicata la prima volta in un atto testamentario del 1262, mentre dall'anno 1303 è già esistente la chiesa di Sant'Anna. Era vicina all'episcopio il quale si era spostato nel palazzo dei Toroglioni, poi Acciajoli, dove nel 1700 di nuovo dimoravano i vescovi. La chiesa parrocchiale di Santa Maria a porta Cipriana rimase in piedi sino al 1546 circa poi passò a quella di San Pietro, Gli avanzi dell'antico convento della fine del 1200 si trovano nell'attuale teatrino con due archi di finestre.

 

La chiesa di Santa Maria in porta Cipriana fu costruita dopo la morte del santo verso il 1235, mentre la chiesa e convento di Santa Maria poi di san Francesco (ad Alto) furono costruiti quando il santo era ancora in vita, nel periodo tra i due suoi passaggi ad Ancona, nel 1220 e nel 1225. I frati di san Francesco (ad Alto) si unirono nel nuovo convento e chiesa di Santa Maria Maggiore, per ritornare in parte nel vecchio convento ristrutturato nel 1400. Il titolo "ad Alto" venne assunto dopo il 1517 quando il papa convalidò la separazione dai frati Minori conventuali, i quali diventarono frati dell'Osservanza o Zoccolanti nella chiesa di San Francesco ad Alto.

 

Nel 1454, Giorgio Orsini da Sebenico realizzò sulla facciata il portale presente ancora oggi, che riecheggia l'impianto architettonico gotico fiorito della Porta della Carta del Palazzo Ducale di Venezia, alla quale l'artista dalmata aveva precedentemente lavorato. Rispetto alla porta veneziana, però, gli elementi gotici avevano perso gran parte della loro funzione strutturale, per divenire semplici elementi decorativi; lo spirito rinascimentale è evidente sia nelle sculture, sia nel portale architravato, sia nello straordinario fregio di venti ritratti scolpiti che emergono dalla pietra, simili a quelli realizzati dallo stesso autore nella cattedrale di San Giacomo a Sebenico.

 

Sui pilieri l'Orsini ricavò quattro edicole per le quali scolpì altrettante statue di santi francescani: Santa Chiara, San Bernardino da Siena, Sant'Antonio da Padova e San Ludovico d'Angiò. Sopra al portale, chiuso da un arco gotico senza più alcuna funzione strutturale, si ammira il bassorilievo di San Francesco che riceve le stimmate; sopra ad esso spicca un conchiglione emiciclico che sostiene un monumentale baldacchino semiesagonale. Giorgio da Sebenico progettò inoltre una monumentale scalinata d'accesso, che occupava tutto lo spazio della piazza attuale e mostrava la sua attenzione per l'inserimento urbanistico delle opere architettoniche.

 

Nel dicembre 1454 lo scultore maestro Giorgio fu trascinato in tribunale dal maestro scalpellino Giovanni Bresola per il mancato pagamento di pietre prelevate dall'isola di Brazza e portate a Rimini e Ancona. A Rimini esse furono il compenso per il maestro Agostino di Duccio scacciato da Firenze, il quale aveva eseguito per conto dell'Orsini due angeli nel duomo di Sebenico. Altre pietre proseguirono verso il porto di Ancona e furono utilizzate per la costruzione della facciata di Santa Maria Maggiore, poi San Francesco alle Scale.

 

Il maestro Giorgio di Matteo costruì il portale di Santa Maria Maggiore alla fine dello scadere dell'anno 1454, dopo aver terminato la facciata alla Loggia dei mercanti. Il portale era stato appaltato dai frati per 670 ducati d'oro. Lo scultore concluse l'opera eccetto una piccolissima parte sopra la lunetta, e ciò nonostante fosse in lite con i frati, come avverrà più tardi per il portale della chiesa di Sant'Agostino. Pertanto gli vennero addebitati come penale 15 ducati d'oro che corrispondevano a 5 ducati d'oro veneti, per la piccolissima parte sopra il conchiglione non compiuta, il costo di tre colonne non adoperate, il costo dell'armatura in legno deteriorata e delle pietre non lavorate. Il quadro contenente la lunetta, dove è rappresentato San Francesco che riceve le stimmate, non è opera della mano esperta del maestro Giorgio, ma di un suo allievo, probabilmente il maestro dalmata Giovanni Pribislavich.

 

L'interno accoglieva un dipinto considerato uno dei capolavori del pittore rinascimentale Nicola di Maestro Antonio d'Ancona, ora esposto al Carnegie Museum of Art di Pittsburgh, nello stato della Pennsylvania negli Stati Uniti. Intorno al 1550 Lorenzo Lotto lasciò a San Francesco un'Assunzione, che ancora domina l'interno della chiesa da dietro l'altare maggiore.

Tra il 1777 ed il 1790 la chiesa venne sopraelevata ed ingrandita, alterando le proporzioni quattrocentesche ed eliminando le trecentesche cappelle minori. Ancor oggi è visibile in facciata lo stacco tra l'altezza originaria (in intonaco chiaro) e la sopraelevazione settecentesca (in mattoni). L'architetto Francesco Maria Ciaraffoni ricostruì anche il convento annesso con i due chiostri. Nel 1798 il complesso chiesa-convento venne chiuso ed adibito, dopo la parentesi napoleonica, a civico ospedale; alcuni anni dopo, nel 1802, nella speranza di trovare una vena d'acqua, venne sciaguratamente eliminata gran parte della scalinata monumentale quattrocentesca; fu così che ebbe origine l'attuale piazza San Francesco.

 

Dopo il 1860, conseguentemente alla secolarizzazione del complesso chiesa-convento, questa venne internamente suddivisa in piani e locali ad opera dell'architetto militare Giuseppe Morando con l'apertura in facciata di tre piani di finestre a sesto acuto per dare luce ai nuovi vani, dopodiché il complesso venne adibito a Civico Ospedale fino all'apertura del nuovo Ospedale Civile Umberto I nella nuova zona di espansione urbana fuori Porta Cavour.

 

Dal 1927 fino al 1944 fu sede della Pinacoteca civica Francesco Podesti e del Museo archeologico nazionale delle Marche; per l'occasione l'originale rampa d'accesso semicircolare venne ricostruita in forme più "moderne" su progetto dell'architetto Italo Garlatti. Il campanile del XVIII secolo crollò nel 1944, durante la Seconda guerra mondiale, a causa di un bombardamento che distrusse anche il convento adiacente.

 

Dopo la Seconda guerra mondiale, venne dapprima ricostruito il campanile in forme riecheggianti le settecentesche di quello crollato e, demolendo i piani in cui era stato suddiviso lo spazio dell'aula, l'intera chiesa venne ripristinata; furono anche chiuse le finestre aperte dopo il 1860.

 

Nel 1953, finalmente, San Francesco alle Scale fu riaperta al culto, e divenne sede della parrocchia del Rione di San Pietro, in sostituzione della vicina chiesa di San Pietro, distrutta durante i bombardamenti. Tuttora è officiata dai Frati Minori Conventuali. Dal 1994 al 1997 fu effettuato un accurato intervento di restauro del portale, che ora è tornato a mostrare nuovamente il bianco caldo della pietra d'Istria usata da Giorgio da Sebenico.

 

L'interno, a navata unica e di aspetto settecentesco, è stato liberamente ripristinato nel secondo dopoguerra in occasione della riapertura al culto della chiesa. Conserva il Battesimo di Cristo di Pellegrino Tibaldi, la Gloria in gesso di Gioacchino Varlè, gli Angeli che trasportano la Santa Casa di Loreto di Andrea Lilli e soprattutto la grande pala dell'Assunzione di Lorenzo Lotto (1550), uno dei capolavori dell'artista. L'altare maggiore in legno dorato proviene dalla soppressa chiesa di San Francesco ad Alto.