Le prime tracce di insediamenti nel territorio di Andria risalgono al neolitico, sono infatti stati rinvenuti alcuni oggetti, coltellini di ossidiana ed armi litiche.

 

Nell'età successiva, nell'eneolitico, gli uomini abitavano alcune grotte scavate nel tufo.

 

Durante l'età del bronzo gli uomini iniziarono ad abitare in alcune costruzioni cilindriche dal tetto a cono simili ai trulli. Numerosi tumuli, sepolture costruite con pietre informi, sono stati rinvenuti in contrada S. Barbara, S. Lucia e Castel del Monte.

 

Nel 1000 a.C. gli Iapigi abitarono la Puglia, in seguito nell'VIII secolo a.C. vennero ad abitare i Peucezi. La nascita del primo agglomerato urbano viene fatta risalire alla seguente colonizzazione degli Ellenici. Vicino all'attuale Andria sorse Netium, città greca per lingua e civiltà, citata da Strabone nella Geografia Universale. A Netium si erano rifugiati in cerca di riparo alcuni profughi scampati alla distruzione di Canne nel 216 a.C. durante la seconda guerra punica. Decenni dopo Netium ebbe un declino e non rimasero che poche rovine dopo le lotte sociali tra Mario e Silla nell'88 a.C. Alcuni abitanti della città con molta probabilità si spostarono più a sud, sulla costa, dove fondarono Juve-Netium o Neo-Netium l'attuale Giovinazzo.

 

Sulla Tavola Peutingeriana viene indicata una città di nome Rudas, probabilmente la vecchia Netium greca, di sicuro una stazione sulla via Traiana. I successivi insediamenti alto-medievali dei Longobardi e dei Bizantini, sorsero vicino alle rovine della vecchia Netium. Si hanno notizie di 12 casali, forse in origine ville rustiche, che ebbero in gran parte nomi di santi (Sant'Andrea, San Martino, Santa Caterina, Casalino e San Ciriaco, che si trovavano all'interno delle successive mura cittadine, e San Candido, San Vittore, San Pietro, San Valentino, San Lizio, San Lorenzo, Borghello, Trimoggia e Cicaglia, che restarono all'esterno di esse).

 

Nel 44 d.C. Pietro apostolo nel suo viaggio verso Roma evangelizzò Andria che nel 492 d.C. circa, divenne sede vescovile sotto papa Gelasio I. In un documento del 915, Andria viene citata come villaggio (locus) dipendente da Trani.

 

Nel 1046 fu sottratta al dominio bizantino da Pietro il Normanno, insieme a Trani e al resto del suo territorio e come altri centri (Barletta, Bisceglie e Corato) divenne una città fortificata, elevandola al rango di civitas, con dodici torri, tre porte e una rocca nel punto più alto.

 

Al figlio Pietro II venne riconosciuto il titolo di conte nel 1073. Ancora nell'XI secolo fu fondata sulle vicine alture delle Murge l'abbazia benedettina di Santa Maria del Monte.

 

Nel 1155 l'esercito siciliano di Guglielmo I di Sicilia fu decimato nei pressi di Andria dall'esercito bizantino di Manuele I Comneno. In quella battaglia perse la vita, il conte di Andria Riccardo de Lingèvres, che fu ucciso sotto le mura della città.

 

L'ultimo dei conti normanni discendenti di Pietro fu il conte Ruggero, che combatté nel 1176 a Legnano con Federico Barbarossa.

 

Nel XIII secolo fu fedele al dominio svevo e fu residenza del re Federico II, che nei pressi fece costruire il celebre Castel del Monte eletto a Patrimonio dell'umanità dall'UNESCO, sul sito della precedente abbazia benedettina normanna.

 

Federico II di ritorno dalla sesta crociata, fece scolpire sulla normanna porta Sant'Andrea la celebre frase: «Andria fidelis, nostri affixa medullis; absit, quod Federicus sit tui muneris iners, Andria, vale, felix omnisque gravaminos expers.».

 

Ad Andria nacque suo figlio Corrado IV nel 1228, avuto con la moglie Jolanda di Brienne, regina di Gerusalemme, sepolta nella cripta della cattedrale di Andria, che morì appena sedicenne in seguito al parto.

 

Sotto il dominio angioino Andria fu data in dote a Beatrice, figlia di Carlo II di Napoli e sposa di Bertrando del Balzo, conte di Montescaglioso, che risiedette nella città dal 1308 alla sua morte nel 1330. La città passò poi in eredità alla figlia Maria.

 

Ad Andria intanto Maria del Balzo vendette al padre Bertando la città. Il Papa Clemente VI incaricò Bertrando, che era anche gran giustiziere del regno, di investigare sulla morte di Andrea d'Ungheria. Istituito il processo, Bertrando fece cadere la colpa su alcuni addetti alla casa reale escludendo le regina Giovanna I da qualsiasi responsabilità. Nel 1350 la città fu assediata e saccheggiata dalle forze di Luigi I d'Ungheria convinto della colpevolezza della regina Giovanna I.

 

In quei giorni un sacerdote, Oliviero Matusi, all'insaputa di tutti nascose il corpo di San Riccardo in un luogo sicuro all'interno della Cattedrale per far sì che gli Ungheresi non potessero trafugarlo. Il segreto fu tramandato per anni solo di padre in figlio da parenti del sacerdote.

 

Bertando del Balzo, che in occasione dell'assedio riparò ad Avignone presso Papa Clemente VI, morì improvvisamente nel 1357 a Napoli ove si era recato per affari di stato. La sua salma fu tumulata nella Chiesa di San Domenico Maggiore di Napoli.

 

In quell'anno gli succedette Francesco I del Balzo, suo figlio, che ottenne il titolo ducale e la città (1351). La moglie di Francesco I, Sveva Orsini, fondò in quegli anni il convento di San Domenico.

 

Dall'11 novembre 1420 fu duca del feudo Jacopo Caldora, che dovette possederlo per alcuni anni. Nel 1431 il ducato passò al nipote di Francesco I, Francesco II del Balzo. Dal 1434 al 1436 duca del feudo fu Berlingiero Caldora. Nel 1438 venne rinvenuto il corpo del santo protettore della città, san Riccardo d'Inghilterra, che era andato disperso durante il precedente assedio: in memoria dell'episodio fu istituita una festa ("Fiera d'Aprile") che si tiene tuttora dopo ormai quasi 600 anni, dal 23 al 30 di aprile.

 

Nel 1453, Pirro, figlio di Francesco II del Balzo, sposò a Castel del Monte Maria Donata Orsini, cugina di Isabella, moglie del re Ferrante d'Aragona.

 

Nel 1462 il principe di Taranto Giannantonio Orsini, non avendo avuto quali alleati nella lotta contro Ferrante d'Aragona Francesco e Pirro del Balzo, assediò Andria. Non riuscendovi a penetrare, l'Orsini fece scavare una galleria che passasse sotto le mura della città, ma il duca Francesco II scoperta la notizia fece scavare anch'egli una galleria in senso contrario. I nemici furono tutti catturati e rilasciati. Dopo 49 giorni di assedio il duca di Andria viste le gravi condizioni del suo popolo si arrese e tornò la pace tra i del Balzo e gli Orsini.

 

Francesco II, cognato del re di Napoli Ferrante d'Aragona, ottenne il titolo di gran connestabile del Regno di Napoli.

 

Il Duca nominato ambasciatore del Re presso la corte pontificia era presente durante l'insediamento di Pio II al soglio pontificio. Era anche presente insieme a Giacomo della Ratta alla Dieta di Mantova nel 1459 e li probabilmente intessé una serie di rapporti con principi ed intellettuali del periodo tra i quali Leon Battista Alberti. Alla morte di Francesco II nel 1482, divenne duca il figlio Pirro del Balzo, il quale partecipò nel 1485 alla congiura dei baroni per cui venne messo a morte.

 

Quando la figlia Isabella del Balzo sposò ad Andria Federico d'Aragona, portò il ducato alla casa reale e il marito lo governò fino al 1496, quando divenne re di Napoli.

 

Nel 1503 nella piana fra Andria e Corato,precisamente in "Terra Quadrati" si svolse la famosa Disfida di Barletta, che opponeva gli italiani capeggiati da Ettore Fieramosca ai francesi. In mattinata i 13 cavalieri italiani pregarono nel cappellone della cattedrale di Andria. Dopo la conquista del regno di Napoli da parte di Ferdinando il Cattolico nel 1504, Andria venne assegnata al "Gran Capitano" Gonzalo Fernández de Córdoba e poi al nipote di questi, Fernando Consalvo II. Egli vendette la città nel 1552 a Fabrizio Carafa, I° duca di Andria e conte di Ruvo e parente del Papa Paolo IV Carafa, che sistemò splendidamente il Palazzo Ducale. A questi succedette nel 1554 il figlio Antonio Carafa; la madre e il fratello, Vincenzo Carafa (che nel 1571 aveva partecipato alla battaglia di Lepanto), fecero edificare nel 1577 il convento dei Cappuccini. Al successore, Fabrizio Carafa si deve la costruzione del monastero dei Benedettini e della basilica di Santa Maria dei Miracoli, in seguito alla scoperta nel 1576 di un'icona ritenuta miracolosa.

 

Successivamente, nei secoli XVII e XVIII, la città rimase sempre sotto il dominio dei duchi Carafa, in continuo conflitto con il vescovo e il capitolo della Cattedrale, con il quale la famiglia divideva il possesso della maggior parte delle terre. L'epidemia di peste del 1656 ne decimò la popolazione mentre nel 1741 la città subì un'invasione di cavallette.

 

Nel 1797 la città ottenne di poter eleggere il proprio sindaco e nel 1799, al momento della Repubblica partenopea, fu assediata dall'esercito francese capitanato dal generale Jean-Baptiste Broussier e appoggiato dallo stesso conte Ettore Carafa. Si voleva annettere Andria alla Repubblica Partenopea, liberandola dal dominio Borbonico, ma la città rimase fedele ai Borbone. Nella battaglia, perirono circa 2000 persone da entrambe le parti. Successivamente, fallita l'idea della Repubblica, e mancata la rivoluzione, i Borbone fecero giustiziare i repubblicani napoletani di spicco, tra cui lo stesso Ettore Carafa ghigliottinato a Napoli il 4 settembre del 1799. Nel 1806 gli eredi dei Carafa vendettero il Palazzo ducale alla famiglia Spagnoletti Zeuli.

 

Per la sua fedeltà a Ferdinando IV ottenne il titolo di Città Regia. Sotto il governo napoleonico e i regni di Giuseppe Bonaparte e di Gioacchino Murat fu abolito il sistema feudale e soppressi molti conventi, mentre vennero aumentati i diritti elettorali.

 

Nel 1818 la diocesi si allargava alle città di Canosa, Minervino Murge e Montemilone, mentre la città viveva un periodo di sviluppo demografico e si espandeva al di fuori della cinta muraria.

 

Durante il Risorgimento vi ebbe sede la carbonara "Società degli Spettri" o "Tomba Centrale" e una sezione della Giovine Italia. Circa 100 uomini di Andria, guidati da Federico Priorelli e da Niccolò Montenegro, parteciparono alla spedizione dei Mille di Giuseppe Garibaldi eletto in seguito Deputato del Regno presso il collegio elettorale di Andria. Dopo l'annessione al Regno d'Italia il territorio fu teatro di azioni di brigantaggio: nel 1865 vi fu fucilato il capo-brigante Riccardo Colasuonno ("il Ciucciariello").

 

L'abolizione del latifondo e la confisca dei beni ecclesiastici diede impulso alla formazione di una borghesia terriera, sviluppando le produzioni agricole specializzate e un fiorente artigianato. Anche la città si accrebbe, vi furono edificate dimore signorili per i ceti emergenti e vi sorsero due piccole banche locali e le sedi di diversi partiti politici. Grazie allo sviluppo economico, Andria non fu particolarmente toccata dal fenomeno dell'emigrazione.

 

Nel 1851, l'artista Achille Vianelli realizzò un dipinto dedicato a Piazza Vaglio di Andria. L'opera fu presto dimenticata dall'opinione pubblica locale e custodita presso il Metropolitan Museum of Art di New York. Il 6 ottobre 2015 il reporter e documentarista Nicola Ferrara ritrovò il quadro nell'elenco delle opere esposte nel museo e rese pubblica l'immagine attraverso un documentario ad esso dedicato.

 

Nel 1913, il primo maggio, ad Andria viene indetta dalle classi operaie la Festa del lavoro. Da segnalare che il produttore cinematografico Cataldo Balducci presenta il documentario “Grandiosa manifestazione per il primo maggio 1913 ad Andria" (indetta dalle classi operaie) che riprende la festa in 7 quadri, e si può - così - vedere il corteo che percorre via Cavour, via Ettore Fieramosca, piazza Vittorio Emanuele II, raggiunge via Garibaldi, la piazza ed il palazzo Municipale, Porta Sant'Andrea. Nel filmato appaiono il monumento a Federico II e il panorama della Città visto dal campanile di Via Carmine.

 

Circa 800 andriesi perirono durante il primo conflitto mondiale, questi furono ricordati nel Monumento ai Caduti all'interno del Parco della Rimembranza inaugurato nel 1930.

 

Quattro Podestà governarono Andria durante il Fascismo: Pasquale Cafaro, Ernesto Fuzio, l'Onorevole Consalvo Ceci e Marco Jeva. Durante il regime fascista alcuni terreni (Montegrosso, Trojanelli) vennero suddivisi tra i reduci della prima guerra mondiale. Dopo l'armistizio del 1943 la città subì devastazioni da parte dei tedeschi, fino all'arrivo delle truppe alleate.

 

Dopo la seconda guerra mondiale, nel marzo del 1946, a causa del rifiuto di una ditta locale di assumere quattro reduci, scoppiò una rivolta contadina, che vide il sequestro di alcuni proprietari terrieri e l'erezione di barricate. Ci furono scontri cruenti con le forze dell'ordine e sembrò che fosse stato trovato un accordo: ma al momento del discorso che doveva tenere il celebre sindacalista Giuseppe Di Vittorio fu sparato un colpo d'arma da fuoco, facendo rinascere i disordini: fu assaltato il palazzo della famiglia Porro, grandi proprietari terrieri della città e vennero linciate due anziane sorelle (Carolina e Luisa Porro). In seguito a tali fatti fu inviato l'esercito che riuscì a sedare la rivolta con una dura repressione. Si manifestò in quel periodo una crisi economica in seguito alla quale diversi abitanti furono costretti ad emigrare.

 

A partire dagli anni cinquanta si ebbe una progressiva ripresa economica, favorita dall'inaugurazione nel 1965 della linea ferroviaria Bari-Barletta che metteva in comunicazione Bari con i comuni dell'entroterra del nord della provincia. Nel 2004 viene istituita la nuova provincia di Barletta-Andria-Trani (poi resa attiva dal 2009) la città abbandona la provincia di Bari anche se la città di Bari è sempre stata e continua ad essere un punto di riferimento per Andria e le altre città del nord barese (vedi anche la frequenza dell'Università da parte di tanti giovani).

 

Il 30 aprile 2011 il suo codice di avviamento postale passa da 70031 a 76123.

 

Il 12 luglio 2016, Andria balza alle cronache nazionali e internazionali a causa dell'incidente ferroviario, avvenuto nelle campagne tra Andria e Corato, che totalizzò 23 vittime e 57 feriti. Ad oggi rappresenta il più grave incidente mai accaduto sulle ferrovie pugliesi ed uno dei più gravi nella storia delle ferrovie italiane.