La tradizione lega la fondazione della città al vescovo Esuperanzio di Ravenna nel periodo compreso tra il 425 e il 430 lungo la sponda destra del fiume Po, proprio nei pressi della pieve di San Giorgio, il più antico luogo di culto della zona, a circa un chilometro di distanza dal centro abitato. Nel secolo seguente, secondo lo storico locale Camillo Laderchi, il territorio venne donato dall'imperatore bizantino Giustiniano I, vittorioso sugli Ostrogoti nel 540, al vescovo di Ravenna Agnello.

Per quanto riguarda il nome "Argenta", esso ha origini bizantine. Nel periodo tra il VI e l'VIII secolo ebbe sede nel luogo il contingente militare degli Argentenses per difendere il guado sul Po di Primaro dai Longobardi.

 

Nel 603 Argenta venne fortificata dall'esarca bizantino Smaragdo e in seguito la cittadina fu trasferita sulla riva sinistra del Po. Tale scelta permise alla città di assumere un ruolo importante come nodo di collegamento tra il ferrarese e il ravennate. In tale situazione tra il XII e il XIV secolo fu oggetto di lunghe contese tra il vescovato di Ravenna e la signoria degli Este e questo facilitò la sua indipendenza anche se rimase culturalmente legata ad entrambi i territori. Durante uno di questi conflitti fra Ferrara e Ravenna, nel 1200, il borgo fu attaccato da un esercito composto da soldati ferraresi e mercenari modenesi e veronesi, che la devastarono ed incendiarono. Gran parte degli abitanti furono imprigionati nelle carceri di Ferrara dove in molti morirono. Gli assalitori spezzarono le catene che chiudevano il Po e le portarono a Ferrara, dove furono esposte in segno di trionfo nella Cattedrale di San Giorgio. Uno dei comandanti ferraresi fu Alessandro Giocoli e la moglie Livia avrebbe organizzato e inviato nuove truppe in aiuto. Dopo la conquista Albertino Giocoli fu nominato governatore e Argenta fu feudo dei Giocoli che ne ebbero la signoria nel 1223.

 

Nel 1295 vi si tenne un convegno che riunì tutti i capi ghibellini della Romagna. Capitano generale fu acclamato Scarpetta Ordelaffi, signore di Forlì che iniziò le operazioni contro gli eserciti pontifici, procurandosi la scomunica per sé e per i suoi familiari.

 

L'8 marzo 1333 Argenta fu ceduta dall'arcidiocesi di Ravenna agli Este, entrando a far parte della signoria sino alla devoluzione di Ferrara.

 

Dal 1598 Argenta venne controllata direttamente dallo Stato Pontificio entrando così nella Legazione di Ferrara.

 

Nel 1624 venne colpita dal terremoto e la tradizione vuole che il sisma abbia risparmiato il Santuario della Celletta consacrato proprio in quell'anno e poco distante dal centro cittadino. Tutte le altre chiese, compreso il duomo, furono duramente colpite. Nella seconda metà del XVIII secolo vivevano in paese poco più di 2 500 abitanti.

 

Durante i moti del 1830-1831, che coinvolsero diverse cittadine emiliane e romagnole, anche Argenta insorse contro la dominazione pontificia e nel 1849 si sollevò nuovamente. In seguito alle vittorie franco-piemontesi della seconda guerra d'indipendenza italiana e al crollo dei vari ducati emiliani, il 14 giugno 1859 l'amministrazione pontificia lasciò il territorio e i liberali di Argenta innalzarono il Tricolore italiano.

 

Nel 1883 fu raggiunta dalla ferrovia Ferrara-Rimini e sei anni più tardi venne ultimato anche il collegamento ferroviario con Ravenna. Sul finire del XIX secolo il territorio versava in condizioni economiche drammatiche a causa dell'irrisolta questione agraria, delle mancate bonifiche e dell'isolamento che fu solo parzialmente ridotto dall'arrivo della ferrovia. Con l'ascesa del fascismo fu teatro di due violenti fatti di sangue. Il 17 aprile 1921 fu occupata dagli squadristi di Italo Balbo. Questi, dopo aver costretto il sindaco Zardi a bere olio di ricino, fecero firmare a tutta l'amministrazione comunale socialista le dimissioni. Il 7 maggio successivo l'ex consigliere comunale e sindacalista Natale Gaiba fu ucciso da un gruppo di fascisti del luogo. Il 23 agosto 1923 il parroco don Giovanni Minzoni, uno dei pochi argentani a ribellarsi e a denunciare le violenze fasciste, fu ucciso a bastonate da un gruppo di squadristi.

 

Durante la seconda guerra mondiale, il territorio argentano fu teatro di numerosi episodi bellici. L'8 settembre 1944 i tedeschi, dietro indicazione dei locali vertici del Partito Fascista Repubblicano, prelevarono un gruppo di uomini per una rappresaglia. Cinque furono fucilati presso il ponte della Bastia ed altri cinque furono fucilati a Filo. Nell'inverno 1944-1945, con l'arresto dell'avanzata alleata lungo la linea Gotica, Argenta divenne un obbiettivo militare di primaria importanza. Le valli di Campotto (a ovest) e quelle di Comacchio (a est) costituirono l'unico passaggio per raggiungere Ferrara ed il Veneto. La piccola porzione di territorio racchiusa tra Argenta e le frazioni di Bando e Longastrino fu ribattezzata negli ambienti militari alleati Argenta Gap. Quando gli Alleati scatenarono l'offensiva della primavera 1945 Argenta fu duramente colpita dai britannici l'11 aprile. Il giorno seguente il centro abitato venne pressoché raso al suolo da un violentissimo bombardamento alleato. Venne liberata il 18 aprile 1945 dalle truppe dell'VIII Armata britannica. Nei pressi dell'abitato si trova il cimitero dove riposano i caduti britannici e del Commonwealth: l'Argenta Gap War Cemetery.

 

Nel secondo dopoguerra il centro cittadino fu interamente ricostruito secondo i canoni urbanistici moderni.