La chiesa di San Giovanni Battista è uno dei più importanti monumenti del castello di Arrone, ovvero la parte alta dell'abitato. Di costruzione gotica dei secoli XII e XIV, fu in seguito fortemente ristrutturata dal 1467 al 1476 da maestranze lombarde incaricate dal Comune.

L’interno è ad una sola navata, con la copertura a travatura di legno con tre capriate. L’abside pentagonale ha la volta a crociera rinforzata da costoloni poggianti su mensole e sorregge con un’ardita soluzione la cella campanaria. Altre caratteristiche dell'interno sono un sedile in pietra che gira attorno alla chiesa e un'ancora conservata pavimentazione in cotto.

Assai notevoli sono gli affreschi votivi che ricoprono le pareti della chiesa. Essi risalgono al XV secolo e sono di scuola umbra, con evidente influenza da parte dell'opera di Filippo Lippi e Piero della Francesca. Gli affreschi, contenuti entro cornici di finto mosaico, rappresentano figure di Santi, fatti realizzare dalle famiglie arronesi per grazie ricevute, per essere protette dalle malattie e dalle disgrazie. Non a caso ricorrono molto spesso le figure di S. Antonio abate e S. Sebastiano, considerati protettori dalla peste, malattia responsabile, ai tempi, di moltissime morti.