Fu istituito nel 1878 come una piccola collezione di 117 opere esposte all'Università di Atene. Nel 1896, Alexandros Soutzos, giurista e amante dell'arte, lasciò in eredità al governo greco la sua collezione e la sua proprietà, aspirando alla creazione di un museo d'arte. Il museo ha aperto nel 1900 e il primo curatore è stato il famoso pittore greco Georgios Jakobides di Monaco. Dopo la seconda guerra mondiale i lavori iniziarono per la creazione un nuovo edificio. Dopo aver trasferito le sculture nella nuova Glittoteca nazionale, si è deciso di costruire una nuova ala, che è stata inaugurata nel 2021, con un allestimento su tre piani, che evidenzia gli artisti greci. Al piano terra si trovano alcune opere d'arte bizantina, le opere di El Greco e una carrellata sull'Ottocento greco, dal neoclassicismo alle opere patriottiche, fino a al simbolismo. Il primo piano è dedicato al primo Novecento greco e a opere per lo più figurative fino agli anni 1960/1970. Il secondo piano espone lavori di arte contemporanea fino ai giorni nostri. Esistono delle vetrine dedicate alle arti grafiche, che a rotazione mostrano opere su specifici temi. Al momento (2023) l'arte europea non è esposta.