San Francesco giunse a Bologna nel 1222 e la sua predica determinò un decisivo interesse verso il francescanesimo. I francescani però, tramite l'opera di Bernardo di Quintavalle, avevano ottenuto da Nicolò Pepoli già dal 1213, la modesta casa di Santa Maria delle Pugliole, la quale sarà il primo insediamento francescano a Bologna. Qui i frati rimasero fino al 1236, anno in cui, per interessamento di papa Gregorio IX e per la concessione delle autorità civili, ebbero la possibilità di avviare la costruzione del grande complesso che, fin dalle sue fondazioni, ebbe carattere di monumentalità.

 

Non si conosce il nome dell'architetto che realizzò il progetto iniziale, ma dalle cronache di Bartolomeo delle Pugliole, si apprende che nel 1254 crollarono due arcate e che nel sinistro venne coinvolto frate Andrea "maestro della ghiexia", il quale ebbe le gambe spezzate. Questo fa presuppore che frate Andrea fu l'ideatore del progetto originale. La presenza a Bologna di Marco da Brescia, frate francescano, potrebbe far pensare che sia anche l'ideatore del progetto, ma non è suffragato da prove documentali. È probabile invece che tutto il complesso sia stato realizzato in maniera collettiva dalla comunità francescana intera, senza che ci sia stata una preminente individualità che ha ideato e condotto i lavori. Nel 1263 l'edificio era completo nelle sue parti essenziali.

 

Tra il 1397 e il 1402 fu innalzato un nuovo grande campanile su progetto di Antonio di Vincenzo, che realizzò anche la prima cappella privata, quella della famiglia Muzzarelli. Lungo il perimetro furono successivamente costruite altre cappelle gentilizie, tutte eliminate nei restauri di fine Ottocento, esclusa la quattrocentesca cappella di san Bernardino.

 

Dopo l'arrivo dei francesi (1796) la chiesa fu sconsacrata, ridotta a dogana, subì la dispersione del suo patrimonio artistico e conobbe un forte degrado strutturale. Tra il 1886 e il 1906 Alfonso Rubbiani ne curò un restauro che restituì alla chiesa l'aspetto originario ma con alcune pesanti ricostruzioni.

 

I bombardamenti della seconda guerra mondiale hanno arrecato al complesso ulteriori danni e crolli (facciata, volte e chiostro), poi ripristinati dai restauri della Soprintendenza.

 

 

Benché di forme e aspetto ancora prettamente romanici, il San Francesco di Bologna è tra le costruzioni italiane quella nella quale sono riflesse con maggiore fedeltà le caratteristiche del gotico francese chiaramente riconoscibili soprattutto negli archi rampanti absidali esterni.

 

Di notevole interesse nei pressi dell'abside i tre monumenti funebri (Arche) dei glossatori Accursio e del figlio Francesco d'Accursio, del giurista Odofredo e di Rolandino dei Romanzi.

 

La facciata a capanna è di impronta ancora romanica, tripartita da lesene e decorata da scodelle di ceramica lungo gli spioventi. Il portale si apre entro un protiro marmoreo affiancato da bassorilievi che forse risalgono all'VIII secolo.

 

Alla base del campanile grande è la gotica Tomba di Pietro Canetoli (1382); vicino, affresco con Madonna col Bambino e santi di Pietro Lianori (1405 circa).

 

Incassato fra la chiesa e gli edifici che la fiancheggiano dal lato sud è un piccolo atrio in stile romanico, ma anch'esso fortemente restaurato, con archi a tutto sesto, e sulle pareti frammenti di sculture e elementi decorativi; da qui si accede al chiostro del convento e alla chiesa per un ingresso laterale.

 

L'interno è a tre navate scandite da pilastri ottagonali con altissime (rispetto all'altezza della basilica) volte esapartite (cioè divise in sei vele, come a Notre Dame di Parigi). Nel coro si sviluppa un deambulatorio absidale con corona di nove cappelle a raggiera.

 

Sulla controfacciata si trova il Monumento di Ludovico Boccadiferro (1545); sulle pareti della chiesa si trovano: il Monumento di Pietro Fieschi di Francesco di Simone Ferrucci (1492); l'Arca del vescovo Galeazzo Bottrigari (1519); il Monumento di Alessandro Zambeccari opera di Lazzaro Casario (1571); il Sepolcro di Giuseppe Arnolfini (1543); il Sepolcro di papa Alessandro V, opera di Nicolò Lamberti (1424); la Pietra tombale di Ercole Bottrigari (1612). All'altare maggiore è la grandiosa ancona marmorea di San Francesco che fu commissionata ai fratelli Pierpaolo e Jacobello dalle Masegne, ma realizzata dal solo Pierpaolo (1388-1392).

 

Alle pareti del presbiterio sono ricollocati frammenti di affreschi con Storie della vita di san Francesco, realizzati da Giovanni da Rimini nel refettorio del convento, staccati e restaurati.

 

In una delle cappelle radiali è un Crocifisso dipinto da Giovanni Lianori.

 

In una delle cappelle dell'abside è contenuto l'organo costruito da Balbiani e in seguito ampliato da Francesco Michelotto di Albignàsego (PD). Fu progettato e inaugurato dall'organista Ireneo Fuser.

 

Nella cappella absidale dedicata alla Madonna di San Luca, si trovano le pale di San Bonaventura e di San Francesco di Paola dipinte da Antonio Maria Nardi.

 

Nel convento, il Chiostro dei Morti fu realizzato in pieno XIV secolo; sulle pareti sono collocate tombe dei dottori dello Studio tutte trecentesche. Un altro grande chiostro quattrocentesco è verso il lato sud: questo e molte altre parti del grande complesso che nei secoli fu dei frati Minori è oggi adibito ad altri usi (uffici finanziari).