Costruita per volontà dei Terziari Francescani tra la fine del 1500 e gli inizi del 1600 occupa un’area ricavata dalla demolizione di un settore della rocca trecentesca (metà del 1300). E' dunque la chiesa del Terz’Ordine Francescano, che fu ideato dal Santo proprio a Cannara ("Fioretti", cap. XVI), e del quale il primo terziario ad essere accolto nel nuovo Ordine fu il beato Lucio da Cannara.

I Terziari nel 1665, la cedettero ai Padri Conventuali i quali si trasferirono dal convento fuori le mura allo stabile posto accanto a questa chiesa. I frati vi rimasero fino al 1810, quando, durante l’occupazione francese dell’Italia, il nuovo governo decretò le “soppressioni ecclesiastiche” e incamerò i beni di monasteri e conventi.

Con la Restaurazione, tuttavia, questo convento non fu più ripristinato: un breve Apostolico del 27 aprile 1816 ne determinava la chiusura e la chiesa tornò di pertinenza dei Terziari.

L’interno presenta un unico ambiente con tre altari. Su quello principale è collocata una grande tela dei primi del Seicento raffigurante la Vestizione di una terziaria da parte di S. Francesco, attribuita a Cesare Sermei (Città della Pieve 1581 - Assisi 1668), cui assistono numerosi Santi e Beati del Terz’Ordine, eseguiti verosimilmente da altra mano che, secondo la tradizione, appartengono alla famiglia Baglioni. L’altare è fiancheggiato da due nicchie. In quella di destra è posta la statua di San Francesco (1660 ca.), ascrivibile alla stessa maestranza cui spetta il Sant’Antonio nell’altare laterale; in quella di sinistra è collocata una Santa Elisabetta (XIX secolo).

Al termine della parete destra è esposta la tela raffigurante Sant’Anna tra San Carlo Borromeo e Santa Barbara, fatta eseguire con l’approvazione del cardinale Borghese a spese della comunità cittadina (di cui compare lo stemma) nel 1616, impiegando cinquanta scudi avanzati dalla riscossione delle gabelle. In basso, a sinistra, si leggono la firma del pittore perugino Giulio Cesare Angeli (Perugia 1570 ca. - 1630) e la data 1616.

Un ampio vano, a destra dell'altare, fungeva da luogo di incontro mensile dei Terziari. Sopra la porta che lo collega alla chiesa c'è una bella tela, anonima copia seicentesca del Trasporto di Cristo al Sepolcro di Raffaello Sanzio, celebre dipinto commissionato da Atalanta Baglioni in memoria del figlio Grifonetto.

Nell’altare di sinistra, intitolato a San Giuseppe da Copertinoi, è esposta una statua in terracotta di San Sebastiano (prima metà XVII secolo), già nell’omonima chiesa; in quello di destra è invece collocato un simulacro ligneo di Sant’Antonio da Padova, datato 1669, ma purtroppo appesantito da una moderna ridipintura.

In sacrestia, sull’altare, è posto un Crocefisso tra la Vergine dolente, Sant’Antonio da Padova, la Maddalena, San Francesco, Santa Chiara e San Giovanni Evangelista (in basso a sinistra si legge: Giovanni di Francesco lombardo fattore della Madonna degli Angeli Fece Fare) opera di un pittore attivo nella seconda metà del XVII secolo, non troppo lontano dal bolognese Francesco Providoni (1633-1703).

In fondo alla parete sinistra è appeso un dipinto del XVII secolo con il Crocefisso e i Santi Liberio papa e Filippo Neri. Le pitture dell’interno nel registro superiore e nel soffitto presentano motivi e simboli francescani e sono state eseguite da Giovanni Balicchia, collaboratore di Elpidio Petrignani, ed attivo a Cannara nella prima metà del Novecento.

Sopra il portone d'ingresso è murato lo stemma dei PP. Conventuali, sotto al quale si legge la scritta:

D. Francisco Penitentium Ordinis hoc in oppidum secularium priusquam alibi institutori sacrum: (tempio) Dedicato al Divino Francesco, che in questo castello prima che altrove istituì l'Ordine dei Penitenti Secolari.