Una chiesa nel sito fu consacrata nel 1291, ma subì secoli di ricostruzioni e ampliamenti. Pochi elementi come l'abside, la parete destra e alcune finestre risalgono alla chiesa in stile gotico originale. Un'importante ricostruzione tra il 1707 e il 1727 creò l'attuale struttura architettonica barocca e le decorazioni interne.
La semplice facciata in mattoni si differenzia dagli interni riccamente decorativi. Gli stucchi furono completati da Antonio Milli ; i medaglioni del soffitto furono affrescati con i santi Francesco, Antonio da Padova e Giuseppe da Copertino, da Lucantonio Angiolucci .
La cappella Vitelli a sinistra fu progettata (circa 1550) da Giorgio Vasari. Egli dipinse la grande tela raffigurante l'Incoronazione della Vergine (1563). L'altare di San Giuseppe nella chiesa ha ora una copia dell'originale Sposalizio della Vergine (1504) di Raffaello, rubato dalle truppe napoleoniche nel 1798, e ora nella Pinacoteca di Brera . L'altare scolpito del XIV secolo è attribuito al francescano Beato Giacomo. Una delle cappelle a destra una volta conteneva un reliquiario che reggeva il braccio dell'apostolo Sant'Andrea, di Lorenzo Ghiberti, ora nella Pinacoteca Comunale della città.[1] L'adorazione dei pastori di Luca Signorelli (1496) fu dipinta per questa chiesa e oggi si trova alla National Gallery (Londra).
fonte: https://it.wikipedia.org/wiki/Chiesa_di_San_Francesco