L'origine di questa chiesa risale probabilmente all'XI sec., ma la sua esistenza e documentata soltanto a partire dal 1141, quando l'Abate Rinaldo di Farfa, confermando all'abbazia di San Pietro in Perugia il possesso di alcuni beni, ne esclude le pertinenze della chiesa. Non si possiedono altre notizie fino al 1236 anno di esecuzione della Deposizione. Nel corso del Trecento la vita della chiesa è documentata da una notizia riguardante il suo priore, Rinaldo Segnarelli, e dalla donazione di due coniugi derutesi che cedono al monastero una casa in Deruta, quattro appezzamenti di terra e un predio in Sant'Angelo di Celle. Nel 1381 Urbano III conferisce il priorato della chiesa al monaco cassinese Carlo Caracciolo Napolitano. Non è possibile precisare quando i monaci Benedettini abbandonarono la chiesa, ma è probabile che ciò fu conseguente ai gravi fatti d'arme che, sul finire del Trecento, funestarono Deruta e il suo territorio. Nel 1611 lo stato di abbandono e di rovina dell'edificio era tale che il magistrato di Deruta si rivolse ai protettori della chiesa perché provvedessero a ripararla. Nel 1613 essa fu unita al Collegio del Seminario di Perugia e restaurata. Comunque è da rilevare che la chiesa attuale non è l'originaria, essendo stata edificata, in epoca imprecisabile, in prossimità della più antica costruzione i cui ruderi erano ancora visibili fino alla metà dell'Ottocento. Nel 2014 è stata sottoposta ad un restauro con il rifacimento del tetto pericolante.