Fu costruita dopo la morte del Santo nel 1226, nel luogo in cui aveva dimorato San Francesco nel 1213. Qui infatti san Francesco vi rimase alcuni giorni, chiamato dal vescovo Ugolino ed operando alcuni miracoli come la guarigione di un paralitico, la restituzione della vista ad una non vedente, la liberazione di una indemoniata. La costruzione, voluta dai cittadini di Narni in segno di riconoscenza al santo, si protrasse fino al XIV secolo.

La facciata è semplice e rettangolare. Ha un portale del trecento. Sul frontone c’era un rosone, sostituito da un finestrone nel XVII secolo.

 

L'interno della chiesa è in stile romanico. Consiste in tre navate, divise da pilastri cilindrici che sostengono delle arcate a tutto sesto. La navata centrale è coperta da volta a capriate lignee, mentre l’abside è scandito in cinque spicchi da costoloni che partendo dal punto centrale del catino absidale non giungono fino a terra, ma si arrestano a livello delle mura.

 

Sulle navate laterali si aprono cinque cappelle su ogni lato. Fra queste, entrando sulla destra, si trova la Cappella Eroli, caratteristica per l'architettura e la decorazione quattrocentesche, decorata con affreschi riproducenti alcuni episodi della vita di San Francesco e di San Bernardino da Siena. Al termine della navata destra si trova la cappella di San Giuseppe, con decorazione cinquecentesca.

 

La chiesa è ricca di affreschi per lo più trecenteschi, ma anche quattrocenteschi e cinquecenteschi, sia sui pilastri che nelle cappelle.

 

Nell’abside troviamo una grande finestra a trifora con una vetrata istoriata su due registri: il registro superiore raffigura San Francesco con i protomartiri francescani; quello inferiore lo Speco di Narni, S. Giovenale e la piazza dei Priori.

 

La cappella Eroli ha una curiosa disposizione, non del tutto perpendicolare rispetto a quella della chiesa, a causa di mura ricurve (soprattutto quelle di sinistra) che curvano progressivamente verso destra l’asse maggiore della cappella, conferiscono alla due campate ampiezza diversa e alle due volte a crociera una conformazione dissimile.

 

La cappella viene decorata sulle quattro lunette laterali (due a destra e due a sinistra) probabilmente dopo il 1461, dal pittore Pier Antonio Mezzastris, che firma il ciclo intero su un gradino dell'affresco con il Sogno di Innocenzo III. Il committente è un membro della potente famiglia narnese degli Eroli, probabilmente il cardinale Berardo Eroli.

 

Il ciclo di affreschi è insolito per la presenza contemporanea di due santi diversi (san Francesco e il frate francescano senese san Bernardino da Siena) e per la scelta inconsueta di episodi dei due santi tra quelli della loro vita. L’interpretazione data dagli studiosi è quella di un profondo significato politico che il committente, probabilmente il cardinale narnese Berardo Eroli, ha voluto imprimere al ciclo decorativo, volendo conferire a questo un messaggio di pacificazione e riconciliazione, avvenuta o comunque auspicata, tra i vari livelli della chiesa cattolica. L’incontro tra i santi Domenico e Francesco vuole mettere sullo stesso piano i due ordini mendicanti dei francescani e domenicani. La copresenza nel ciclo di san Francesco e san Bernardino da Siena e dei loro miracoli vuole riconciliare le disposizioni dei francescani conventuali ed osservanti. La presenza di ben tre episodi in cui i pontefici incontrano o sognano i due santi vuole sottolineare la piena approvazione del papato e della chiesa secolare dei due ordini mendicanti. La cacciata dei diavoli dalla città di Arezzo, retta dalla diocesi aretina, vuole mostrare la protezione del santo operata su un presidio della chiesa centrale. Infine, il miracolo contro il sultano di Egitto vuole mostrare come questa unità sia indispensabile per lotta all’eresia e alle altre religioni avanzanti.

 

La Cappella di San Giuseppe, fu sacrestia dei frati conventuali fino al 1570, quando fu concessa in unso alla confraternita di San Giuseppe. Fu affrescata su commissione di quest’ultima da Alessandro Torresani dopo il 1570 con scene raffiguranti l’Annunciazione, l’Adorazione del Bambino, l’Adorazione dei Magi, la Discesa della colomba su san Giuseppe, la Visitazione, le Nozze di Cana, il Redentore, San Giuseppe e un gruppo di uomini, Maria e le vergini sue compagne. Gli affreschi si dispiegano in sei grandi riquadri, inquadrati da una struttura architettonica dipinta che corre lungo tutto il perimetro della cappella, corredata da cariatidi, festoni di frutta e angioletti. Sulla parete di fondo si apre una porta affiancata dalle immagini di san Pietro e san Paolo. La volta a botte è dipinta con un cielo stellato, con al centro la figura del Salvatore mentre agli angoli troviamo i quattro Evangelisti.