Nel lower deck vi è anche un'interessante riproduzione di un biplano della prima guerra mondiale. Il museo funge da base per l'annuale Fleet Week, la settimana della flotta. Fondato nel 1982, il museo rimase chiuso dal 2006 per i successivi due anni a causa del rinnovamento dell'Intrepid e delle strutture. Esso ha poi riaperto al pubblico l'8 novembre 2008, con William White come suo presidente.

 

Il museo aprì nel 1982 al Pier 86 sull'iniziativa del filantropo Zachary Fisher e del giornalista Michael Stern per salvare l'Intrepid dalla rottamazione nel 1978. L'Intrepid divenne parte del patrimonio storico nazionale nel 1986.

 

Nel settembre 2001, l'Intrepid servì come quartier generale temporaneo per l'FBI quando iniziarono le indagini sugli attentati terroristici dell'11 settembre.

 

Il 1º ottobre 2006, l'Intrepid chiuse per riparazioni e rinnovamento assieme al suo molo. L'Intrepid fu spostata dall'Hudson verso The Peninsula a Bayonne Harbor, New Jersey per il restauro.

 

Lo spostamento fu ritardato il 6 novembre 2006, quando le eliche della nave si bloccarono nel fango dell'Hudson. Un secondo tentativo, questa volta riuscito, fu effettuato il 5 dicembre 2006. La portaerei fu quindi portata fino a Staten Island, dove le strutture del museo furono aggiornate ed ingrandite prima di ritornare al loro molo a Manhattan.

 

La portaerei fu riportata al suo posto nell'Hudson il 2 ottobre 2008 e riaprì al pubblico l'8 novembre dello stesso anno. Nuovi aeroplani furono esposti sul ponte e negli hangar e il Concorde fu spostato in uno spazio espositivo sul molo.

 

Il 12 dicembre 2011 fu ufficialmente annunciato che l'Enterprise era stato assegnato all'Intrepid Sea-Air-Space Museum. Il 27 aprile 2012 la navicella arrivò a New York, atterrando all'Aeroporto Internazionale John F. Kennedy, trasportata da un Boeing 747. Successivamente, con l'ausilio di una chiatta, il veicolo spaziale è stato spostato al museo ed è ora visitabile in un apposito padiglione posizionato a poppa della portaerei.