Giulio Carlo Argan scrive: «I Normanni che instaurarono la loro dinastia in Sicilia nel 1072, distruggono i monumenti, non la tradizione dell'architettura bizantina e araba. San Giovanni degli Eremiti a Palermo (1132) è araba nel nitido rapporto tra i corpi cubici e le cupole emisferiche».

 

La chiesa è costruita secondo i canoni dell'architettura siculo-normanna; si tratta di una chiesa romanica e che esternamente ricorda edifici orientali . Tale richiamo all'Oriente viene ancor più enfatizzato dalle cupole di colore rosso acceso, restaurate nell'Ottocento dell'architetto Giuseppe Patricolo forse simili all'originale.

 

La chiesa, caratterizzata all'esterno dalle cupole di colore rosso, appoggiata con un fianco ad un corpo quadrato anteriore, è realizzata a croce latina divisa in campate quadrate su ciascuna delle quali poggia una semisfera. Il presbiterio, terminante in nicchia, è sormontato da una cupola, come quella dei due corpi quadrangolari che la fiancheggiano e di cui quello di sinistra si eleva a campanile. Il chiostro, abbellito da un lussureggiante giardino, è la parte meglio conservata del primitivo monastero; spiccano per bellezza e leggerezza le colonnine binate con capitelli a foglie d'acanto che reggono archi ogivali a doppia ghiera. Vi si trova inoltre una cisterna araba.

 

Oggi l'edificio presenta una nuda cortina muraria fatta con conci di tufo squadrati; l'interno ha tre absidi semicircolari ed è suddiviso in cinque campate quadrate coperte da cupolette che si raccordano alle pareti tramite nicchie.