L'edificio assume un significativo ruolo già dall'anno 1279, come sede del Capitolo Generale di tutta la religione; se ne deduce che già allora doveva essere in atto, dopo undici anni di elemosine raccolte a questo fine, il progetto di ampliamento della struttura architettonica. I frati decidono per ragioni contingenti di opportunità e urgenza di aggiungere solo un transetto, tale comunque da raddoppiare il vano duecentesco. La navata non poteva infatti essere allungata per non invadere lo spazio della piazza antistante, né allargata in quanto dalla parte destra esisteva già il convento di monache dette Carcerelle e, da quella sinistra, un grande pozzo a disposizione del quartiere: viene così eretto un campanile ottagono (che presenta problemi statici fin dal principio) e una grande crociera con sette cappelle absidali, che si tradussero in sette spazi abbelliti da affreschi e vetrate policrome. La prima navata diviene uno spazio antistante, di introduzione al vero e proprio vano sacro che risulta essere compreso sotto la crociera, area architettonicamente più complessa e articolata della prima, di finestratura e dunque illuminazione abbondante, proveniente da bifore disegnate anch'esse in maniera estrosa e assai rara (interrotte a metà da un architrave provvisto di trilobi e trafori), a sembrare quasi una doppia finestra.

 

Una terza fase nella storia di questo complesso architettonico, per Perugia gotica secondo soltanto all'immensa mole di San Domenico, è quella dell'abbellimento, che segue passo passo la prosperità dell'ordine e di questa sua sede: per il campanile si rinuncia al fusto ottagono e alla cuspide; precisamente nel 1473 comincia la decorazione della facciata. Essa si presenta con la metà inferiore a pietre quadre rosse, incorniciate da linee bianche per lungo e per largo, un grande spazio ad arco incornicia il portale gemino, esemplato sul modello della Basilica assisiate; l'altra metà viene invece lasciata in laterizio con il contributo cinquecentesco dell'architetto perugino Bino Sozi.

 

Per quanto concerne la decorazione strutturale dello spazio interno, fino a tutto il XVI secolo si assiste a una continuativa opera di arricchimento: a fine Trecento vengono aperte piccole cappelle sul fianco sinistro, poco dopo, per opera di Francesco di Guido di Virio, una in stile brunelleschiano lungo il destro, seguita da un'altra più in fondo, ancora gotica. Ancora un altro spazio analogo, tornando dalla parte sinistra della nave, lo apre un architetto evidentemente influenzato da Alessi e Sanmicheli, già nel Cinquecento. Per concludere questa parte, sarà Valentino Martelli (Perugia 1550-1630) a erigere due pulpiti in pietra agli angoli di incontro fra navata e crociera.

 

Passando alle opere pittoriche presenti nel complesso, per il quale Annibale Mariotti parla addirittura di «chiesa cemeteriale», annotando per esso la presenza di circa duecento sepolcri gentileschi al suo interno, si possono apprezzare nella seconda cappella a sinistra una Crocifissione affrescata da Pellino di Vannuccio (1377), nella terza un altro bellissimo affresco, di ancora incerto autore, attivo nella prima metà del XVI secolo, rappresentante la Madonna in trono fra i Santi Giuseppe e Girolamo; nella quarta è il marchigiano Giovanni Battista Lombardelli (Montenuovo 1535/40-1592 ca.) a realizzare a fine Cinquecento le lunette con Storie di Santa Lucia. Transitando a destra, la prima cappella (quella di Francesco di Guido) conserva una Madonna delle Grazie a fresco, attribuita a Giannicola di Paolo (Deruta 1460/65 - Perugia 1544); la seconda e la terza custodiscono opere assegnate ad Arrigo Fiammingo (Mechelen 1530 ca. - Roma 1597) e rispettivamente Cristo e Sant'Andrea (1551) e il Martirio di Santa Caterina (1560). Le cappelle più antiche, appartenenti alla primitiva struttura gotica dietro il transetto, sono caratterizzate dai dipinti murali dei celeberrimi Allegretto Nuzi (Fabriano 1315 ca. -1373) e di Piero di Puccio, realizzati a cavallo fra XIV e XV secolo.

 

Fu Pietro Vannucci Perugino (Città della Pieve 1448 – Fontignano 1523) a occuparsi della decorazione centrale del complesso: suo il polittico col Battesimo di Cristo (ultima opera dell'artista), oggi conservato fra la Galleria Nazionale dell’Umbria e la chiesa di San Pietro a Perugia e vari musei francesi (Musée des Beaux Arts di Grenoble e Lione, Musée du Louvre e Musée des Augustins di Tolosa) e inglesi (Museum of Art di Birmingham), così come con tutta probabilità suo il disegno secondo il quale Baccio d’Agnolo (Firenze 1462-1543) esegue il preziosissimo coro ligneo intarsiato nel 1502.

 

Alla destra della chiesa, sorgeva l'attinente oratorio databile al 1405 e successivamente restaurato nel XVII sec. e nel XVIII. Appartenente alla Confraternita del Suddetto santo, una delle tre confraternite perugine: San Francesco, Sant'Agostino e San Domenico, associazioni di laici che svolgevano attività caritativa e di solidarietà, che nel 1472 si unirono e nel 1890 si trasformarono in Pio Sodalizio Braccio Fortebracci, attuale titolare dei due splendidi oratori rimasti: Oratorio della Confraternita dei Disciplinati di San Francesco e l’Oratorio della Confraternita disciplinata di S. Agostino.

 

Il complesso si compone di due oratori sovrapposti a pianta rettangolare, il primo superiore, più recente e il sottostante più antico.

 

Quello superiore fu edificato e decorato nel XIV sec., e rinnovato nei sec. XVl e XVII. Vi si accede attraverso un primo ambiente con affreschi di Francesco Appiani (1762), ci si immette poi nel magnifico oratorio con magnifiche decorazioni del protobarocco perugino . Le pareti sono coperte di tele che raccontano le Storie di Gesù e fatti della vita di Filippo e Giacomo, tutte di Giulio Cesare Angeli (1618-30) tranne le ultime tre a destra di Bernardino Gagliardi (1656). Un ciclo pittorico manierista rispondente ai tre dettami del Concilio di Trento: - primo che l’opera rispondesse a Vaghezza unita a magnificenza, secondo che apporti devozione e pietà, il terzo che rispondesse a durabilità con spesa convenevole. Nella parete di fondo, si erge l'altare dell'artista Marco Pace, databile al 1586, su cui è possibile ammirare la tavola dipinta da Raffaellino dal Colle (1563) rappresentante la “Vergine in gloria fra santi”.

 

Il soffitto ligneo (1698), intagliato e dorato dai Francesi Carlo D’Amuele e Monsù Filippo, ingloba gli affreschi settecenteschi di Mattia Batini (foto 4). Completano la sala i seggi lignei incominciati nel XVI sec. da Marco Pace.

 

Nella sacrestia si ammirano decorazioni prospettiche di Pietro Carattoli (1762) e i dipinti di Francesco Appiani con le storie disant'Agostino, all'altare Stendardo processionale di Giovanni Antonio Scaramuccia (1625): La Vergine e Santi Agostino, Francesco e Domenico.

 

L'oratorio sottostante, sede dell'antica confraternita, si presenta nella semplicità della sua architettura, perché non ha subito il rinnovamento dei secoli XVI e XVII. È un'unica aula rettangolare con le volte a crociera costolonate. Alle pareti tracce di affreschi trecenteschi di notevole qualità pittorica, tra le quali la crocefissione attribuita al Maestro di Paciano. Nella parete di fondo è un’altra Crocifissione in affresco degli inizi del XVI di scuola peruginesca.