Al momento l'isola è disabitata, ma è possibile visitarla tramite imbarcazioni locali. Si trova circa 2 chilometri ad est di Ventotene. L'unico edificio presente sull'isola è un carcere ("edificio circolare") con 99 celle, fatto costruire nel periodo borbonico (circa 1794–95) da Ferdinando IV ed in uso fino al 1965.

 

Nell'ottobre del 1860 una violenta rivolta, resa possibile dall'abbandono dell'isola da parte delle truppe borboniche accorse a Capua sottoposta all'assedio che avrebbe sancito la fine del Regno delle Due Sicilie, sfociò nell'autoproclamazione della Repubblica di Santo Stefano da parte dei detenuti camorristi più noti. La comunità si diede uno statuto e si mantenne in vita autonomamente fino al gennaio del 1861, quando un contingente della Marina del Regno di Sardegna sbarcò sull'isola e ripristinò l'ordine e la detenzione dei reclusi.

 

I detenuti più celebri del penitenziario tra metà Ottocento e inizi del Novecento furono lo scrittore Luigi Settembrini, il brigante Carmine Crocco, gli anarchici Gaetano Bresci e Giuseppe Mariani, dal ventennio fascista in poi, il futuro Presidente della Repubblica Sandro Pertini e i banditi Sante Pollastri, Ezio Barbieri e Benito Lucidi, l'unico a riuscire ad evadere, nel 1960. Altri antifascisti erano confinati sull'isola di Ventotene, ma non furono mai carcerati a Santo Stefano: Giuseppe Di Vittorio, Umberto Terracini, Giorgio Amendola, Lelio Basso, Mauro Scoccimarro, Giuseppe Romita, Altiero Spinelli ed Ernesto Rossi. Proprio a questi ultimi due si deve la redazione del cosiddetto Manifesto di Ventotene che nel 1941, in pieno conflitto mondiale, chiedeva l'unione dei paesi europei e costituirà, negli anni successivi, il riferimento ideale cui guarderanno in molti per il processo di integrazione continentale.

 

Nel 1981, su iniziativa dell'allora ministro della Difesa Lelio Lagorio, sopra il portone di accesso alla fortezza è stata apposta una grande lapide in marmo candido del Monte Altissimo (Alpi Apuane) per ricordare i patrioti dell'Ottocento e i prigionieri dell'epoca fascista. Alla difficoltosa applicazione della lapide hanno provveduto mezzi militari di terra, mare e cielo delle forze armate italiane.

 

All'interno del penitenziario è stato girato il film L'urlo (1970) di Tinto Brass ed alcune sequenze di Ostia di Sergio Citti e Sul mare di Alessandro D'Alatri.